پس حمد خدا و مدح رسول و خلفا، مستقلا ابیات موضوعی مثنوی آغاز می شود و داستان مرغان آغاز می شود. داستان مرغان در ۴۵ گفتار است و در پایان ابیاتی تحت عنوان خاتمه کتاب می آید. عطار در عرض ماجرا و سیر مرغان حکایتهای حکیمانه را میگنجاند و هفت وادی عرفان را معرفی می کند.

پایه داستان اینست که جمعی از پرندگان در جلسه‌ای، برای انخاب پادشاهی برای خود به اجماع می‌رسند. پس از بحث فراوان سیمرغ را برای اینکار نامزد می‌کنند وبرای یافتنش به راه می‌افتند. اما در راه هریک به دلیلی جان می‌بازد و فقط سی(۳۰) مرغ به سیمرغ می‌رسند و آنجا میابند که طالب و مطلوب یکیست. چون آنها سی مرغ بودند که طالب سیمرغ شدند.

ابیات سرآغاز داستان ابتدا سیزده (۱۳) پرنده را توصیف می‌کند که هر یک نمایانگر صفتی از انسانها هستند و در وصف آنها از اطلاعات عامیانه و داستانهای دینی استفاده می‌کند. داستان طیور اینگونه آغاز می شود:

مرغان منطق الطیر[ویرایش]

«هدهد - موسیچه (یاکریم) - طوطی - کبک - باز - دراج - عندلیب - طاووس - تذرو - قمری - فاخته - شاهین - مرغ زرین» - بط - هما - بوتیمار - کوف - صهوه